Arredi lignei

Solo un secolo dopo la costruzione della chiesa si provvide alla dotazione degli arredi lignei. Nel 1725-28, con soluzione stilistiche ancora barocche, furono costruiti i pulpiti, dorati da Francesco Bono di Milano, e le  cantorie, realizzate da Carlo Bianchi e Francesco Bassi, anch'essi di Milano, e dorate da Giovan Battista Moltino. E' ancora il canonico Biagio Bellotti che nel 1757-64 si occupa della "riforma de' sedili corali resi deformi dalla vetustà", tagliando due lesene del coro per fare aderire i seggi al muro e scavandone la parte centrale per incastrarvi il seggio del prevosto, suscitando per questo le critiche dei suoi oppositori, secondo i quali il coro "veder si debba pregiudicato nella ben ordinata architettura". I diciannove stalli, i leggii raggruppati a due a due ed i sedici sedili ribaltabili per i chierici sono realizzati in un severo noce scuro che evoca l'atmosfera dei cori abbaziali o conventuali, ma con forme articolate e curvilinee che si integrano nell'ambiente rococò, fortemente caratterizzato, dell'abside (il prevosto Borrone sosteneva che i nuovi stalli sarebbero serviti "per l'accompagnamento del nuovo Altare"). Contemporaneamente vengono realizzati i prospetti degli organi con fantasiose voIute dorate. Numerosi furono gli organi installati in San Giovanni; da quello del 1505 di Francesco da Casale a quello del 1617, forse di uno Stagnoli detto il Cacciadiavoli, agli attuali del 1852 (a sinistra, di Gerolamo, Giuseppe e Stefano Carrera di Legnano) e del 1880 (a destra, di Giuseppe Bernasconi di Varese), riuniti ed elettrificati nel 1912 dai Mascioni di Cuvio e dagli stessi modificati con nuove consolles nel 1950: gli organi diventano tre (positivo, recitativo e grand'organo), con 65 registri (di cui 52 originali) e 3.875 canne.

Nel 1775-76 il canonico Bellotti viene incaricato di provvedere alla bussola della porta centrale "essendo troppo freddo ne tempi d'inverno". I falegnami sono Giuseppe e Antonio Mazzucchelli. Eccezionalmente, di questo lavoro esiste il disegno, nella raccolta Turri di Legnano, con minime varianti nel coronamento rispetto alla realizzazione. Da elemento utilitario, quale era nelle intenzioni di fabbricieri, la bussola diviene l'ingresso trionfale della casa di Dio, il luogo di passaggio dall'ambito profano a quello sacro, il punto iniziale e conclusivo delle processioni, che nel Settecento assumono grande importanza rituale. Le modanature sono realizzate con grande abilità e fantasia, culminando sulla sommità con i quattro vasi su basi cubiche e con il piatto recante la testa recisa del Battista,  colta nell'attimo stesso della decollazione, con la scimitarra ancora brandita ed il sangue grondante.