Suppellettili
Data la storia ormai plurisecolare dell'edificio e l'importanza della chiesa prepositurale (destinataria di donazioni, talvolta a carattere votivo, da parte di fedeli di tutta la pieve), è di fatto impossibile citare ciascuna delle molte suppellettili liturgiche di pregio e ognuno dei numerosi oggetti di valore conservati presso i vari ambienti della basilica. Tra i mobili più notevoli (anche se l'ebanisteria non è l'arte maggiormente rappresentata nel patrimonio di San Giovanni) va senza dubbio ricordata la pesante poltrona a braccioli in legno intagliato e dorato su cui spiccano una croce ed il flagello, simboli della Passione, conservata nel salone parrocchiale e databile intorno alla metà del '700. Estremamente preziosi, per la loro vetustà oltre che per la fattura, sono la pianeta ed il paliotto la cui stoffa si vuole donata nel 1498 da Ludovico il Moro, dopo la morte della moglie Beatrice d'Este.
Il particolare velluto controtagliato, ulteriormente impreziosito da un crocifisso e figure di santi entro edicole, probabilmente ricamate a Milano, è ritenuto opera di una manifattura veneziana del XV secolo.
Molto ricercato si presenta anche il bell'ostensorio in argento a sbalzo e cesello, dorato e ornato di pietre preziose. Sulla ricca decorazione del corpo principale, costituita da amorini, conchiglie, volute e volti di cherubini, domina, al di sopra della cornice, la figura di Cristo risorto; per la struttura estremamente simile a quella dell'altare maggiore, l'ostensorio è stato attribuito a Biagio Bellotti.
Ad un disegno bellottiano è anche riferibile il reliquiario in lamina d'argento sbalzato e cesellato su intelaiatura di legno, datato 1760, in cui sono conservate la camicia e il velo della beata Giuliana. Di buon pregio formale sono i reliquiari originariamente appartenuti alla Compagnia di Sant'Orsola e databili al primo Seicento. Dovrebbe risalire a quello stesso periodo anche la statuetta in lamina d'argento dorata rappresentante San Giuseppe. Degni di nota i calici, taluni in argento, altri in argento dorato, quasi tutti con punzoni di orafi milanesi e la ferula donata dai Bustesi al prevosto Armiraglio prima della peste del 1630, sul cui pomolo la Madonna dell'Aiuto è rappresentata con la mano destra ancora posata sulle ginocchia. Risalente ad anni più vicini a noi è il baldacchino a otto bastoni, in broccato d'oro su fondo di damasco rosso cremisi, realizzato nel 1813 dal milanese Francesco Reina; il motivo ornamentale del cielo presenta un girasole da cui partono garofani, spighe, viti e grappoli d'uva. Non è infine possibile evitare di ricordare qui, anche solo come citazione, l'inestimabile patrimonio di manoscritti e corali miniati (circa 70), incunaboli (circa 80) e cinquecentine (circa 200).